学会参加報告
| 発表タイトル |
Energy Minimization of Protein Tertiary Structure by
Parallel simulated Annealing using Genetic Crossover |
| 著者名 |
Takeshi Yoshida, Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Miki,
Maki Ogura, Yuko Okamoto |
| 参加セッション |
Biological Application of Genetic and Evolutionary
Computation (WorkShop) |
■ 発表概要
本発表では，遺伝的交叉を用いた並列SA(Parallel SA using Genetic Crossover :
PSA/GAc)を提案し，この手法をタンパク質の立体構造予測に適用した実験結果について報告を行った．タンパク質のエネルギー関数は大域的，局所的にも極小値を持つと考えられている．提案するPSA/GAcは，局所探索が得意なSAに大域探索が得意なGAの処理を組み込んだ手法であり，タンパク質のようなエネルギー関数の形状を持つ対象問題では高い解探索能力を示すと考えられる．本発表では複数のタンパク質にこのPSA/GAcを適用し，共同研究先が得た結果との比較からPSA/GAcの高い解探索能力を確認できた．また，得られたタンパク質の立体構造はより安定した形状をしており，PSA/GAcはタンパク質の立体構造予測に適した手法であることが確認できた．
■ 質疑応答
| Ｑ．提案手法で得られたタンパク質と実際に存在するタンパク質の立体構造が異なるのではないか？ |
| Ａ．我々の研究ではタンパク質の立体構造予測を最適化問題の一つとして扱っているため，その点に関して厳密な検証は行っていない．しかし，提案手法で得られたタンパク質のほとんどは，実存するタンパク質の構造とにていることが確認できた．
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| Ｑ．計算時間はどれぐらい必要か？ |
| Ａ．Pentium3
800MHzの16プロセッサで実験した結果，C-peptideでは約8時間程度である． |
■ 感想
私は英語でプレゼンテーションは初めての経験であり，プレゼン前は多少緊張していました．しかし，参加したワークショップの司会や聴講者に非常に熱心に聴講していただき，満足のいく研究発表を行えました．また，質疑応答では英語での返答に苦労しました．この経験は今後の英語勉強の励みになると思っています．