学会参加報告書

報告者氏名
米田 真純
学会名
情報処理学会
研究会名
第46回 MPS研究会
会場
広島県・広島市立大学
日程
2003/9/18 〜 2003/9/19
発表日
2003/9/19
題目
シミュレ-テッドアニーリングを用いたタンパク質エネルギ最小化における温度パラメータの検討
著者
廣安知之，三木光範，○米田真純，岡本祐幸
原稿

■研究集会の詳細

今回参加したのは情報処理学会主催の第46回数理モデル化と問題解決研究会（MPS研究会）です．2003年9月18日〜19日の2日間，広島県広島市立大学において開催されました．MPS研究会は，問題の数理的把握とモデル化及びその有効な解決手法の開発に関する研究交流の場として， 1995年に設立されました．以来，コンピュータを用いた問題解決が求められる理工系・人文社会系の諸分野全体を対象とし，活発な学術的研究会として注目を浴びています．

■発表の概要

今回は「SAを用いたタンパク質立体構造エネルギ最小化における温度パラメータの検討」と題して発表を行いました．
SA(シミュレーテッドアニーリング)は温度と呼ばれるパラメータと状態遷移に伴うエネルギ変位量によって，改悪方向への解遷移を確率的に受理することで，最適状態に遷移していくことが期待されています．
そのため，SA試行中の温度の移り変わりを示す温度スケジュールによって，得られる解の精度は大きく異なり，対象問題に適した温度スケジュールを決定しなくてはなりません．

これまで我々は，岡本グループが実験で用いた最高温度と最低温度をすべてのタンパク質に適用しており，最適パラメータの検証を行っていませんでした． そこで，まず組み合わせ最適化問題を対象とした場合に有効性が示されている「重要温度領域」がタンパク質エネルギ最小化問題においても存在することを確認しました．そして，その温度領域をもとに温度パラメータの検討を行い，温度パラメータと解精度の関係についての検証しました．


■質疑応答

本発表に対して，会場から以下の質問，意見がありました．

1
Q
 シミュレーションで得られた結果と実際の構造との比較はおこなっているのか？
A
 本研究はすべてシミュレーションによって行っており，実際のタンパク質のと比較は行っていない．
2
Q
 エネルギー計算の際に原子間の距離などは考慮されているのか？
A
 本研究は岡崎国立共同研究機構分子化学研究所との共同研究であり，エネルギー関数においては共同研究先が作成をし，我々は最適化部分についての検討を行っている．そのため，原子間の距離といったエネルギー計算に関わる部分は共同研究先が考慮している．

■感想

発表会場の広島市立大学は広島市内からバスで30分という郊外にあり，同志社大学田辺キャンパスと同様に緑豊かな場所で，普段の生活とあまり変わらない雰囲気でした．

私が発表を行った「バイオインフォマティック」以外にも様々なセッションがあり，また難しい内容にも関わらず活発な議論が行われ，研究の奥深さというものを感じました．

私は初めての学会発表でとても緊張しましたが専門家の方々の前で発表を行え，非常に有意義な時間を過ごすことができました．

広島市立大学
講演中の様子

 

■謝辞

今回の学会参加に向けてご指導いただいた廣安先生，三木先生に深く感謝します．また，様々なアドバイスをいただいた知的システムデザイン研究室の青井さん，小椋さん，岩橋君に感謝します．また，参加に際しては三木先生より補助を受けましたことを感謝します．